L’agent DiPierro commence à interroger Darlene, indemne mais encore marquée par la mort de Cisco. Elle préfère se taire mais DiPierro lui montre peu à peu tous les éléments réunis contre elle, prouvant son implication dans Fsociety et les vidéos. Devant l’obstination de Darlene à se taire, DiPierro finit par lui révéler que son absence de vie personnelle lui a offert tout le temps nécessaire à comprendre les différentes relations entre les personnages impliqués (employés d’ECorp comme membres de Fsociety), attendant le bon moment pour frapper la tête du complot, le duo Elliot-Tyrell, et ce moment fut la mort de Romero, que tous ont pensé exécuté par la Dark Army alors qu’il a été abattu accidentellement par son voisin. Joanna a compris que Tyrell n’était pas derrière les appels mystérieux mais Scott Knowles, qui voulait se venger de la mort de sa femme Sharon dont il avait appris la grossesse avant la soirée où elle a été tuée. Joanna commence à insulter Sharon et emporté par sa colère, Scott commence à la frapper au visage. Joanna prépare sa vengeance en demandant à son amant, barman lors de la soirée du meurtre, de témoigner contre Scott Knowles. Elliot suit Tyrell, encore confus et pas tout à fait persuadé qu’il n’est qu’une illusion. À partir des quelques éléments qu’il voit, il reconstitue peu à peu le plan de la phase 2 conçu par Mr. Robot : pirater le système d’alimentation des bâtiments de stockage de la version papier des bases de données d’ECorp pour les faire exploser. Alors que Mr. Robot réapparait et commence à distraire Elliot, celui-ci décide de reprendre le contrôle et d’annuler l’opération pour éviter des morts innocentes. Tyrell sort une arme mais Elliot est persuadé qu’il n’est qu’une illusion de son esprit. Il reçoit alors une balle dans le ventre. Alors qu'Elliot perd doucement connaissance, Mr. Robot lui explique qu’il était résolu à tout risquer pour que son plan se réalise, quitte à tuer Elliot. Peu après, Angela reçoit un appel de Tyrell, qui part aussitôt le rejoindre alors que les centrales électriques ne fonctionnent plus. Dans la scène post-générique, l’on voit Trenton et Mobley, en pause, assis à la table du supermarché Fry’s Electronics dans lequel ils sont employés, afin de se cacher sous de nouvelles identités, puis Leon apparaît et leur demande s’ils ont l’heure

Dans un flashback peu avant Noël avant la série, Romero montre à Mobley l'arcade et lui raconte l'histoire des lieux afin de lui vendre mais Mobley lui propose de rejoindre son groupe de hackers qui deviendra Fsociety. Elliot essaie d'en savoir plus de la part de Tyrell au téléphone, mais Mr. Robot reprend le dessus. Fatigué d'avoir à combattre ses accès de panique et de dissociation, Elliot replonge dans l'Adderall. La nouvelle de la mort de Gideon Goddard fait la une. Mobley découvre Romero mort, abattu d'une balle dans la tête. Avec Trenton, ils pensent que la Dark Army veut les abattre et que Darlene et Elliot sont complices. La police et le FBI, dont l’agent DiPierro, se penchent sur le passé de Romero. Philip Price invite Angela à dîner avec deux directeurs d'ECorp ; la soirée se passe bien et après le départ des deux hommes, Price révèle qu'ils sont impliqués dans le scandale qui a causé la mort de la mère d'Angela, puis la quitte avec un disque contenant assez de preuves pour les faire tomber, lui laissant le choix de l'utiliser ou non. Ray revient voir Elliot, après l’avoir fait suivre quelque temps, et récupère son journal intime. Ray commence à se confier à lui, comment il continue de parler à sa femme morte et sa recherche d'un programmeur assez doué, afin de l’amener à parler de Mr. Robot. DiPierro, par ennui, décide de fouiller la vie de Romero de son côté et trouve dans ses affaires un prospectus qui la mène tout droit à Mobley et la salle d'arcade.

Elliot a en réalité été condamné à une peine de 18 mois pour le piratage des comptes personnels et le vol du chien de l’ex petit-ami de sa thérapeute, l'animal étant d'une race rare. Il a vite construit une illusion pour supporter la réalité, représentant la cour comme un parc, une gardienne comme sa mère et Ray, le directeur, comme un trafiquant. Elliot est finalement libéré après moins de trois mois pour bonne conduite ; il soupçonne la Dark Army d'avoir accéléré sa libération. Retrouvant Darlene à la sortie, il veut rencontrer au plus vite la Dark Army pour déterminer leurs plans, mais il réalise que son trouble de personnalité empire, ses transitions avec Mr. Robot se faisant plus soudaines. Depuis l'ordinateur de Cisco, il pirate l'accès au téléphone de Xun, le contact de Cisco dans la Dark Army, avant d'organiser une rencontre, laissant Darlene écouter les conversations sur la Phase 2 depuis l'ordinateur. À leur retour, Darlene renvoie Cisco dans l'appartement de Susan Jacobs, où elle pense avoir laissé la VHS contenant l'enregistrement du dernier message de Fsociety dénonçant l'opération Berenstain. Cisco accepte mais il surprend quelqu'un sur place. Au même moment, Darlene entend Xun dire que la Phase 2 est une idée d'Elliot avant d'entendre frapper à sa porte. Elliot, rentrant à son ancien appartement pour reprendre sa vie, trouve Joanna qui l’attend. Whiterose se prépare à une rencontre secrète avec Philipp Price, reprenant son costume de ministre. Price lui annonce que la situation d'E Corp est critique et que la société va céder le contrôle de leur antenne chinoise au gouvernement, à moins que le ministre ne transfère des liquidités en urgence pour renflouer E Corp et temporiser. Angela profite de sa nouvelle position pour utiliser une clé donnée par Trenton qui lui permet de récupérer les identifiants d'autres postes au sein d'E Corp. Elle accède ainsi à des dossiers sensibles prouvant qu'E Corp cache un scandale sur une de leurs centrales nucléaires et tente de confier les preuves anonymement à la Commission de réglementation nucléaire des États-Unis avant de devenir soupçonneuse et de fuir. Dans la soirée, une seule personne vient la voir en affirmant vouloir l'aider : l'agent Dominique DiPierro.

Elliot cache le corps de son double dans un carton et se prépare à prendre sa place au mariage. Mr. Robot essaie de lui expliquer en quoi c'est une mauvaise idée mais Elliot fait la sourde oreille. En déplaçant le corps, il est surpris par Dom, simple agent de police dans cette réalité, qui découvre le corps. Elliot fuit et rejoint la plage de Coney Island, où il ne trouve qu'une assistance de personnes portant le masque de la fsociety. Mr. Robot revient et amène peu à peu Elliot à accepter la réalité, confirmée par Angela : il n'est pas dans un monde alternatif créé par la machine de Whiterose, mais une création mentale qu'il a construit pour y retenir le véritable Elliot Alderson et le protéger contre ce qu'il a vécu. Elliot expérimente alors des glitchs dans sa réalité et arrive dans une reconstitution du bureau de Krista Dumont. Son inconscient, sous la forme de sa psychologue, le confronte et le force à admettre qu'il est le Cerveau (le cyber-justicier), une autre personnalité d'Elliot créée pour gérer sa colère envers le monde, tout comme il avait créé Mr. Robot pour se protéger des souvenirs des abus de son père, la figure de sa mère en persécutrice et le personnage du jeune Elliot. Mais le Cerveau a fini par piéger Elliot dans une réalité utopique (dans une "routine"), privé de Darlene, son lien le plus fort avec la réalité, et comme désormais, sa mission est finie, il doit reprendre sa place et rendre le contrôle à Elliot. Le Cerveau se réveille à l'hôpital, où Darlene lui confirme que Whiterose est morte et que sa machine a explosé sans le tuer car il était dans une pièce renforcée. Elle lui confirme aussi que tout ce qui a eu lieu (le hack d'E Corp, le passage en prison, la Dark Army, la mort d'Angela, de Wellick, des membres de la fsociety...) était bien réel. Quand il évoque qu'il n'est pas Elliot, Darlene répond qu'elle savait depuis le moment où il a lancé fsociety et qu'il avait oublié qu'elle était sa sœur. Le Cerveau accepte son sort et retourne dans l'esprit d'Elliot rejoindre les autres personnalités, laissant Elliot resurgir, reprendre le contrôle et retrouver Darlene. Commentaires De la même manière que Mr Robot et Elliot « le cyber-justicier » ont un physique différent (alors qu'ils sont une part du même vrai Elliot), rien n'indique que le physique de ce vrai Elliot est proche de celui du personnage suivi depuis le début. En effet, aucun plan n'est fait sur son visage à son réveil à l'hôpital. De plus, Dom contrôlant les papiers d'identité d'Elliot Alderson ne le reconnaît pas. Elliot lui-même découvrant son double dans le monde parallèle dit en voix-off « ce type n'est clairement pas moi. Et je ne suis clairement pas lui ». Ce dernier épisode fait écho au tout premier épisode de la saison 1. En effet, les 2 commencent par Hello friend et se terminent par Hello Elliot.