La trama se ubica en la década de 1950. Samuel Mullins es un hombre dedicado a la fabricación de muñecas y vive con su esposa Esther en medio del campo. El matrimonio intenta lidiar con un trauma del pasado: la muerte de su hija de 7 años. A fin de enfrentar su soledad y tristeza, convierten su hogar en un orfanato.

Cuando el malvado Shredder escapa de la muerte, regresa con un perverso plan: acabar con los cuatro superhéroes: Rapahel, Leonardo, Michelangelo y Donatello. Para ello, secuestra al profesor Jordan Perry y así conseguir la pócima que hizo posible la mutación de las tortugas. Una vez en su poder, recluta a dos criaturas, Rahzar y Tokka, para que destruyan a Las Tortugas Ninja