L'histoire se passe au cours de l'année 2046, dans un monde où le virtuel est omniprésent, notamment grâce aux "neuro-linkers". Le personnage principal se nomme Haruyuki, ou plus simplement Haru pour ses proches, et est le souffre douleur des caïds de son lycée. Son seul plaisir est un jeu virtuel ressemblant au squash, dans lequel il excelle... jusqu'au jour où il est battu par une mystérieuse jeune fille. Cette dernière s'avère être Kuroyukihime, une des membres du Conseil des élèves. Si elle a battu son score, c'est pour lui demander de l'aide. Haru étant quelque peu hésitant, elle lui présente un curieux jeu, "Brain Burst", qui s'avère être bien plus qu'un simple jeu. En effet, ceux qui possèdent ce logiciel sont capables de se transférer dans un monde virtuel où 1 seconde du monde réel correspond à 16 minutes et 40 secondes. Cela s'appelle "accélérer". Mais pour conserver ce pouvoir, il faut combattre, et gagner des points. L'aventure de Haru dans ce nouveau monde ne fait que commencer.

L'histoire tourne autour de Souhei Saikawa, un membre du Laboratoire de Recherche de Saikawa. Lors d'un voyage scolaire avec ses étudiants et Moe Nishinosono, la fille de son mentor, qui rejoint le groupe malgré le fait qu'elle ne fasse pas partie du laboratoire. Dans le centre de recherche sur l'île, une femme à l'intelligence sur-développée, vit cachée du reste du monde et sous haute protection. Cependant, elle sera retrouvée assassinée, nos deux protagonistes vont alors enquêter sur ce mystérieux meurtre.

La princesse épéiste, Aiz Wallenstein. Aujourd'hui, encore une fois, la plus puissante femme épéiste mène son équipe durant l'exploration de cet énorme labyrinthe que l'on appelle : Donjon.

Yamada est une lycéenne n'ayant jamais eu de rapports sexuels mais rêve d'avoir 100 partenaires sexuels. Néanmoins elle finit par ne s'intéresser qu'à un seul garçon et essaye de se mettre avec lui, ce qui ne sera pour elle d'aucun repos...