Em Dalas, Texas, os agentes do FBI Fox Mulder e Dana Scully tentam evitar que um prédio federal explodisse em um atentado terrorista, mas ficam estarrecidos quando descobrem que a explosão no qual supostamente morreram três bombeiros e uma criança foi causada pelo próprio governo, para tentar abafar o caso de um vírus alienígena, que esteve adormecido por milhares de anos e agora volta superfície.
Apenas um médico (Martin Landau), que conhece a realidade dos fatos, tenta alertá-los, mas agentes do governo o perseguem e fazem de tudo para que ele seja desacreditado.